No âmbito da segurança alimentar, o risco químico nos alimentos resulta da presença de substâncias químicas em níveis que possam ser considerados um risco para a saúde dos indivíduos. Estas substâncias podem estar naturalmente presentes nos alimentos (por exemplo, cogumelos venenosos) ou resultar de contaminação.

Os fungos são capazes de produzir em condições naturais e laboratoriais, metabolitos secundários tóxicos. Os metabolitos secundários são compostos biossintetizados e excretados através de um conjunto de vias metabólicas (que constituem o metabolismo secundário), mas que não são essenciais para o crescimento e sobrevivência do organismo.

Os objectos estranhos no alimento podem causar doenças ou lesões. Estes perigos físicos resultam de contaminação e/ou más práticas em vários pontos da cadeia produtiva, desde a colheita até ao consumidor, inclusive dentro de um estabelecimento de alimentos.

Apesar dos perigos biológicos serem de maior interesse devido à capacidade de causarem doenças transmitidas por alimentos com muita facilidade, os perigos químicos também podem causar doenças transmitidas por alimentos, embora geralmente afectem menos indivíduos.

Entre os três tipos de perigos (biológico, químico ou físico), o perigo microbiológico é o que representa maior risco à segurança dos alimentos.